個人の有する土地又は土地の上に存する権利（以下この款において「土地等」という。）が特定土地区画整理事業等のために買い取られる場合に該当することとなつた場合には、その者がその年中にその該当することとなつた土地等（第三十五条の規定の適用を受ける部分を除く。）の全部又は一部につき第三十六条の二、第三十六条の五、第三十七条又は第三十七条の四の規定の適用を受ける場合を除き、これらの全部の土地等の譲渡に対する第三十一条又は第三十二条の規定の適用については、次に定めるところによる。

第三十一条第一項中「長期譲渡所得の金額（」とあるのは、「長期譲渡所得の金額から二千万円（長期譲渡所得の金額のうち第三十四条第一項の規定に該当する土地等の譲渡に係る部分の金額が二千万円に満たない場合には当該土地等の譲渡に係る部分の金額とし、同項第二号の規定により読み替えられた第三十二条第一項の規定の適用を受ける場合には二千万円から同項の規定により控除される金額を控除した金額と当該土地等の譲渡に係る部分の金額とのいずれか低い金額とする。）を控除した金額（」とする。

第三十二条第一項中「短期譲渡所得の金額（」とあるのは、「短期譲渡所得の金額から二千万円（短期譲渡所得の金額のうち第三十四条第一項の規定に該当する土地等の譲渡に係る部分の金額が二千万円に満たない場合には、当該土地等の譲渡に係る部分の金額）を控除した金額（」とする。

前項に規定する特定土地区画整理事業等のために買い取られる場合とは、次に掲げる場合をいう。

国、地方公共団体、独立行政法人都市再生機構又は地方住宅供給公社が土地区画整理法による土地区画整理事業、大都市地域住宅等供給促進法による住宅街区整備事業、都市再開発法による第一種市街地再開発事業又は密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律による防災街区整備事業として行う公共施設の整備改善、宅地の造成、共同住宅の建設又は建築物及び建築敷地の整備に関する事業の用に供するためこれらの者（地方公共団体の設立に係る団体で政令で定めるものを含む。）に買い取られる場合（第三十三条第一項第三号の四から第三号の六までの規定の適用がある場合を除く。）

都市再開発法による第一種市街地再開発事業の都市計画法第五十六条第一項に規定する事業予定地内の土地等が、同項の規定に基づいて、当該第一種市街地再開発事業を行う都市再開発法第十一条第二項の認可を受けて設立された市街地再開発組合に買い取られる場合

密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律による防災街区整備事業の都市計画法第五十六条第一項に規定する事業予定地内の土地等が、同項の規定に基づいて、当該防災街区整備事業を行う密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第百三十六条第二項の認可を受けて設立された防災街区整備事業組合に買い取られる場合

古都における歴史的風土の保存に関する特別措置法（昭和四十一年法律第一号）第十二条第一項、都市緑地法（昭和四十八年法律第七十二号）第十七条第一項若しくは第三項、特定空港周辺航空機騒音対策特別措置法（昭和五十三年法律第二十六号）第八条第一項、航空法（昭和二十七年法律第二百三十一号）第四十九条第四項（同法第五十五条の二第三項において準用する場合を含む。）、防衛施設周辺の生活環境の整備等に関する法律（昭和四十九年法律第百一号）第五条第二項又は公共用飛行場周辺における航空機騒音による障害の防止等に関する法律（昭和四十二年法律第百十号）第九条第二項その他政令で定める法律の規定により買い取られる場合

古都における歴史的風土の保存に関する特別措置法第十三条第一項に規定する対象土地が同条第四項の規定により同項の都市緑化支援機構に買い取られる場合（当該都市緑化支援機構が公益社団法人又は公益財団法人であることその他の政令で定める要件を満たす場合に限る。）

都市緑地法第十七条の二第一項に規定する対象土地が同条第四項の規定により同項の都市緑化支援機構に買い取られる場合（当該都市緑化支援機構が公益社団法人又は公益財団法人であることその他の政令で定める要件を満たす場合に限る。）

文化財保護法（昭和二十五年法律第二百十四号）第二十七条第一項の規定により重要文化財として指定された土地、同法第百九条第一項の規定により史跡、名勝若しくは天然記念物として指定された土地、自然公園法（昭和三十二年法律第百六十一号）第二十条第一項の規定により特別地域として指定された区域内の土地又は自然環境保全法（昭和四十七年法律第八十五号）第二十五条第一項の規定により特別地区として指定された区域内の土地が国又は地方公共団体（その設立に係る団体で政令で定めるものを含む。）に買い取られる場合（当該重要文化財として指定された土地又は当該史跡、名勝若しくは天然記念物として指定された土地が独立行政法人国立文化財機構、独立行政法人国立科学博物館、地方独立行政法人（地方独立行政法人法（平成十五年法律第百十八号）第二十一条第六号に掲げる業務を主たる目的とするもののうち政令で定めるものに限る。）又は文化財保護法第百九十二条の二第一項に規定する文化財保存活用支援団体に買い取られる場合（当該文化財保存活用支援団体に買い取られる場合には、当該文化財保存活用支援団体が公益社団法人又は公益財団法人であることその他の政令で定める要件を満たす場合に限る。）を含むものとし、第三十三条第一項第二号の規定の適用がある場合を除く。）

森林法第二十五条若しくは第二十五条の二の規定により保安林として指定された区域内の土地又は同法第四十一条の規定により指定された保安施設地区内の土地が同条第三項に規定する保安施設事業のために国又は地方公共団体に買い取られる場合

防災のための集団移転促進事業に係る国の財政上の特別措置等に関する法律（昭和四十七年法律第百三十二号）第三条第一項の同意を得た同項に規定する集団移転促進事業計画において定められた同法第二条第一項に規定する移転促進区域内にある同法第三条第二項第六号に規定する農地等が当該集団移転促進事業計画に基づき地方公共団体に買い取られる場合（第三十三条第一項第二号の規定の適用がある場合を除く。）

農業経営基盤強化促進法第四条第一項第一号に規定する農用地で同法第二十二条の四第一項に規定する区域内にあるものが、同条第二項の申出に基づき、同項の農地中間管理機構に買い取られる場合（当該農地中間管理機構が公益社団法人又は公益財団法人であることその他の政令で定める要件を満たす場合に限る。）

個人の有する土地等につき、一の事業で前項各号の買取りに係るものの用に供するために、これらの規定の買取りが二以上行われた場合において、これらの買取りが二以上の年にわたつて行われたときは、これらの買取りのうち、最初にこれらの規定の買取りが行われた年において行われたもの以外の買取りについては、第一項の規定は、適用しない。

第一項の規定は、同項の規定の適用があるものとした場合においてもその年分の確定申告書を提出しなければならない者については、同項の規定の適用を受けようとする年分の確定申告書に、同項の規定の適用を受けようとする旨の記載があり、かつ、第二項各号の買取りをする者から交付を受けた第一項の土地等の買取りがあつたことを証する書類その他の財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。

税務署長は、確定申告書の提出がなかつた場合又は前項の記載若しくは添付がない確定申告書の提出があつた場合においても、その提出又は記載若しくは添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の財務省令で定める書類の提出があつた場合に限り、第一項の規定を適用することができる。

第二項各号の買取りをする者は、財務省令で定めるところにより、第一項の土地等の買取りに係る支払に関する調書を、その事業の施行に係る営業所、事業所その他の事業場の所在地の所轄税務署長に提出しなければならない。