登記機関は、登記等の申請書（当該登記等が官庁又は公署の嘱託による場合にあつては当該登記等の嘱託書とし、当該登記等が免許等である場合にあつては財務省令で定める書類とする。次項及び第四項において同じ。）に記載された当該登記等に係る登録免許税の課税標準の金額若しくは数量又は登録免許税の額が国税に関する法律の規定に従つていなかつたとき、その他当該課税標準の金額若しくは数量又は登録免許税の額がその調査したところと異なるときは、その調査したところにより認定した課税標準の金額若しくは数量又は登録免許税の額を当該登記等を受ける者に通知するものとする。

ただし、他の法令の規定により当該登記等の申請を却下するときは、この限りでない。

前項の通知を受けた者は、当該通知に係る登記等を受けることをやめる場合を除き、遅滞なく、当該通知を受けた登録免許税の額と当該登記等の申請書に記載された登録免許税の額との差額に相当する登録免許税を国に納付し、その納付に係る領収証書を当該通知に係る登記官署等に提出しなければならない。

前項の場合において、第一項の通知に係る登録免許税が免許等以外の登記等に係るものであり、かつ、当該通知をした登記機関が認めるときは、前項に規定する登記等を受ける者は、遅滞なく、同項に規定する差額に相当する金額の印紙を当該通知に係る登記官署等に提出することにより、当該差額に相当する登録免許税を国に納付することができる。

第二項の場合において、第一項の通知を受けた者は、当該通知に係る登記等の申請書に記載された登録免許税を第二十四条の二第一項に規定する財務省令で定める方法により納付しているときは、第二項に規定する差額に相当する登録免許税を当該方法により国に納付することができる。