税務署長は、内国法人の提出した青色申告書に係る法人税の課税標準又は欠損金額の更正をする場合には、その内国法人の帳簿書類を調査し、その調査により当該青色申告書に係る法人税の課税標準又は欠損金額の計算に誤りがあると認められる場合に限り、これをすることができる。

ただし、当該青色申告書及びこれに添付された書類に記載された事項によつて、当該課税標準又は欠損金額の計算がこの法律の規定に従つていないことその他その計算に誤りがあることが明らかである場合は、その帳簿書類を調査しないでその更正をすることを妨げない。

税務署長は、内国法人の提出した青色申告書に係る法人税の課税標準若しくは欠損金額又は内国法人の各対象会計年度の国際最低課税額に対する法人税、各対象会計年度の国際最低課税残余額に対する法人税若しくは各対象会計年度の国内最低課税額に対する法人税の課税標準の更正をする場合には、その更正に係る国税通則法第二十八条第二項（更正又は決定の手続）に規定する更正通知書にその更正の理由を付記しなければならない。