事業所等において個人が行う事業に対して課する事業所税の納税義務者は、その年の翌年三月十五日までに（年の中途において事業を廃止した場合には、当該事業の廃止の日から一月以内（当該事業の廃止が納税義務者の死亡によるときは、四月以内）に）、個人に係る課税期間に係る事業所税の課税標準額及び税額その他必要な事項を記載した総務省令で定める様式による申告書を当該事業所等所在の指定都市等の長に提出するとともに、その申告した税額を当該指定都市等に納付しなければならない。

前項の課税標準額は、資産割にあつては、当該個人に係る課税期間中においてその者が当該指定都市等の区域内に有し、又は有していた各事業所等に係る資産割の課税標準となるべき事業所床面積の合計面積とし、従業者割にあつては、当該各事業所等に係る従業者割の課税標準となるべき従業者給与総額の合計額とする。

指定都市等の長は、事業所等において事業を行う個人で各個人に係る課税期間について納付すべき事業所税額がないものに、当該指定都市等の条例の定めるところにより、第一項の規定に準じて申告書を提出させることができる。