地方団体の長は、前条の規定により還付すべき場合において、その還付を受けるべき者につき納付し、又は納入すべきこととなつた地方団体の徴収金（その納付し、又は納入する義務が信託財産責任負担債務である地方団体の徴収金に係る過誤納金である場合にはその納付し、又は納入する義務が当該信託財産責任負担債務である地方団体の徴収金に限るものとし、その納付し、又は納入する義務が信託財産責任負担債務である地方団体の徴収金に係る過誤納金でない場合にはその納付し、又は納入する義務が信託財産限定責任負担債務である地方団体の徴収金以外の地方団体の徴収金に限る。以下この条において同じ。）があるときは、前条の規定にかかわらず、過誤納金をその地方団体の徴収金に充当しなければならない。

道府県が第七百三十九条の五第一項若しくは第二項（これらの規定を同条第八項において準用する場合を含む。次条第一項第一号及び第三号において同じ。）の規定により当該道府県の個人の道府県民税（第二十四条第一項第二号に掲げる者に対して課する均等割及び第五十条の二の規定により課する所得割に限る。以下この項において同じ。）に係る地方団体の徴収金と併せて徴収した個人の市町村民税（第二百九十四条第一項第二号に掲げる者に対して課する均等割及び第三百二十八条の規定により課する所得割に限る。以下この項において同じ。）に係る地方団体の徴収金又は市町村が第四十一条第一項の規定により当該市町村の個人の市町村民税に係る地方団体の徴収金と併せて徴収した個人の道府県民税に係る地方団体の徴収金に係る納税者又は特別徴収義務者の過誤納金があるときは、道府県知事又は市町村長は、当該過誤納金をそれぞれ当該道府県又は市町村の地方団体の徴収金に係る過誤納金とみなして、それぞれ当該納税者又は特別徴収義務者の納付し、又は納入すべきこととなつた道府県又は市町村の地方団体の徴収金に充当しなければならない。

前二項の場合において、その地方団体の徴収金のうちに延滞金があるときは、その過誤納金は、まず延滞金の額の計算の基礎となる地方税に充当しなければならない。

前三項の規定による充当は、政令で定める充当をするに適することとなつた時にさかのぼつてその効力を生ずる。

地方団体の長は、第一項から第三項までの規定による充当をしたときは、その旨を納税者又は特別徴収義務者に通知しなければならない。