道府県知事は、第五十三条の規定による申告書の提出があつた場合において、当該申告に係る法人税額若しくはこれを課税標準として算定した法人税割額がその調査によつて、法人税に関する法律の規定により申告し、修正申告し、更正され、若しくは決定された法人税額（「確定法人税額」という。以下この項から第三項までにおいて同じ。）若しくはこれを課税標準として算定すべき法人税割額と異なることを発見したとき、当該申告に係る予定申告に係る法人税割額若しくは法人税において予定申告義務がない法人の予定申告に係る法人税割額が同条第一項若しくは第二項に基づいて計算した額と異なることを発見したとき、第五十八条の規定により確定法人税額の分割の基準となる従業者数が修正されたとき、当該申告に係る均等割額がその調査したところと異なることを発見したとき、又は当該申告に係る法人税割額から控除されるべき額がその調査したところと異なることを発見したときは、これを更正するものとする。

道府県知事は、納税者が第五十三条第一項又は第三十一項の規定による申告書を提出しなかつた場合（同条第一項後段の規定の適用を受ける場合を除く。）においては、その調査によつて、申告すべき確定法人税額並びに法人税割額及び均等割額を決定するものとする。

道府県知事は、第一項若しくはこの項の規定による更正又は前項の規定による決定をした場合において、当該更正若しくは決定をした法人税額若しくは法人税割額がその調査によつて、確定法人税額若しくはこれを課税標準として算定すべき法人税割額と異なることを発見したとき、当該更正若しくは決定をした均等割額がその調査したところと異なることを発見したとき、又は当該更正若しくは決定をした法人税割額から控除されるべき額がその調査したところと異なることを発見したときは、これを更正するものとする。

道府県知事は、前三項の規定により更正し、又は決定した場合には、遅滞なく、これを納税者に通知しなければならない。

第五十三条第三十二項の規定は、第一項から第三項までの規定により更正し、又は決定した道府県民税額が、当該事業年度分に係る道府県民税の中間納付額に満たない場合について準用する。